Агентство Транскордонного Співробітництва "Єврорегіон "Нижній Дунай" створено на підставі рішення Одеської обласної ради № 245-ХХІV від 1 листопада 2003 року "Про створення обласної комунальної неприбуткової організації" Агентство Транскордонного Співробітництва "Єврорегіон "Нижній Дунай". Головною метою створення Агентства, згідно пункту 2.1. Статуту Агентства Транскордонного Співробітництва "Єврорегіон "Нижній Дунай", є сприяння місцевим органам влади, недержавним організаціям в реалізації програм та окремих проектів, у тому числі, в сфері транскордонного співробітництва в рамках Єврорегіону "Нижній Дунай", які направлені на сталий соціально-економічний розвиток Придунайського регіону, його окремих районів, галузей народного господарства.

Агентство розташовано у місті Ізмаїл Одеської області, на перехресті прикордонних транспортно-комунікаційних, річково-морських та етнічних зосереджень південно-східної зони Європи вузловим транзитним регіоном на кордонах Україною з ЄС.

За час існування Агентства, в Єврорегіоні "Нижній Дунай" більш ефективно на міжрегіональному рівні вирішуються питання розвитку периферійних територій, активізувалась робота комісій Єврорегіону, налагоджені зв'язки між представниками влади, бізнес структур, громадських організацій та громадян, розширено міжнародні економічні і культурні зв'язки, почата робота по вивченню проблем Єврорегіону та шляхів їх вирішення, працює система підтримки малого і середнього бізнесу у Єврорегіоні.

Агентством було реалізовано та реалізовуються ряд проектів зміцнення та покращення стану транскордонного співробітництва між Одеською областю та сусідніми регіонами-членами Єврорегіону "Нижній Дунай".